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网站优化设计并非只是搜索引擎优化，搜索引擎优化只是网站优化中的一部分。之所以很容易将网站优化等同于搜索引擎优化，马可网站优化认为主要原因在于网站设计因素对搜索引擎优化状况的影响非常明显和直接，因此更容易引起重视。同时应注意的是，网站设计优化不仅仅是为了搜索引擎优化，其核心仍然是对用户的优化，因此应坚持用户导向而不是搜索引擎导向，这也是网站优化与搜索引擎优化基本思想的重要区别之处。
网站优化基本思想种之所以强调坚持以用户为导向的原则，是因为网站的内容和服务是否有价值最终是由用户来判断的，即使网站在搜索引擎中的表现很好，如果用户使用感觉很不方便，同样不会产生理想的效果。而且，网站推广也并非完全依赖搜索引擎，还需要综合考虑各种相关因素。因此网站优化设计中三个层面的内容不能顾此失彼，应实现全面优化，尤其是对用户的优化应放在首位。
在网站优化诊断分析方案首先都是出于对用户获取信息和服务的考虑，包括从内部获取信息和外部（搜索引擎）的便利性等方面。实际上，用户优化第一的原则与搜索引擎优化本质上是一致的，搜索引擎收录网页的排名规则也是从用户获取信息的习惯方面考虑，如果用户获取信息方便了，对于搜索引擎而言，也会将这样的网页视为高质量的网页，从而获得在搜索引擎中好的排名结果。